かなり雰囲気がみえてきました。
機関区の着発線あたりで上下線が開いて、そこに上下連絡線と引き上げ線が割り込んできます。
あとはホームに向けて下り込み。

2枚目写真で381が止まってるのが引き上げ線。
キハ40が降りてきているのが上り線です。

3枚目写真の通り、それぞれの線路は干渉することなく駅に入ります。

1番線…上り本線(12両対応。上り入出のみOK)
2番線…上り1番(12両対応。下りからの入線不可。出発は全方向OK)
3番線…下り1番(12両対応。全方向入出OK)
4番線…上下連絡本線
　　　　(4両までの行き止まり。到着は上下連絡線のみ。出発は上下連絡線と下りのみ。)
5番線…下り本線(12両対応。到着は下りのみ。出発は上下連絡線と下りのみ。)
6番線…下り2番(25両対応。下り入出のみOK)

だいたいこんな感？。
まだまだ工事は続きますっ。